Entfernung von Allergenen: Allergene können mittels Gentechnologie inaktiviert oder entfernt werden. Erfolgreich wurde dies z.B. in Japan beim Reis durchgeführt, der ein Eiweiss enthält, das speziell bei sensibilisierten Japanern eine allergische Reaktion auslöst.
Entfernung von Eiweissen, die Verdauungsenzyme hemmen: In vielen Pflanzensamen kommen sogenannte antinutritive Eiweisse vor. Sie hemmen Verdauungsenzyme. Diese Eigenschaft dürfte im Verlaufe der Evolution entwickelt worden sein, um Pflanzenfresser abzuschrecken. Reis z.B. enthält Eiweisse, die die Eisenaufnahme im Darm blockieren. 1,2 Milliarden Menschen leiden an Eisenmangel. An der ETH Zürich wird daran gearbeitet, jene Eiweisse im Reis auszuschalten, die die Eisenaufnahme im Darm blockieren.
Entfernung der Bitterstoffe in Grapefruits: In manchen Zitrusfrüchten sind Bitterstoffe des Typs Flavonglucoside enthalten. Mit Hilfe der Gentechnologie könnte deren Produktion unterdrückt werden.